As atividades educacionais foram incrementadas a partir de 1994 com a criação do programa educacional Distrito Federal: seu povo, sua história. Este trabalho acontece em parceria com a SEEDF, na qual o IHGDF disponibiliza seu espaço, instrumentos, equipamentos e, principalmente, seu rico acervo histórico-museológico e bibliográfico. A SEEDF, de sua parte, disponibiliza professores das áreas de história, geografia e pedagogia com perfil para educação patrimonial em museu.

Os profissionais disponibilizados são responsáveis pelo desenvolvimento das seguintes atividades: aula para os estudantes, momentos didáticos com os estudantes, curso de formação para professores, orientação à pesquisa na biblioteca, orientação, acompanhamento e participação em projetos das escolas.

• Aula para os estudantes: as aulas ocorrem nos diferentes espaços do IHGDF, como auditório, biblioteca, museu e áreas externas, com um tema gerador voltado sempre para a história e a geografia regional do Distrito Federal e para a educação patrimonial, o que torna o trabalho pedagógico uma verdadeira oficina de aprendizagem.
• Curso de formação para professores/servidores da SEEDF: o curso é realizado em parceria com o centro de aperfeiçoamento dos profissionais de educação – EAPE (SEEDF) e tem duração média de 180 horas/aulas. A equipe educacional disponibilizada no IHGDF atua como professores formadores nas aulas para os professores cursistas, com temática voltada para a história e a geografia do Distrito Federal.
• Orientação à pesquisa: o pesquisador recebe orientação e acompanhamento de professor da equipe educacional em sua pesquisa na Biblioteca Affonso Heliodoro dos Santos.
• Orientação, acompanhamento e participação em projetos das escolas da SEEDF: ao procurar o IHGDF, a unidade escolar recebe amplo apoio dos professores para a elaboração, realização e acompanhamento de projetos, conforme especificidade.